PT. BPRS Muamalah Cilegon dikelola oleh direksi dibawah pengawasan Dewan Pengawas Syariah dan Dewan Komisaris yang anggotanya diangkat oleh Rapat Umum Pemegang Saham. Pada Awalnya PT. BPR Syariah Muamalah Cilegon (Sebelumnya bernama BPRS Baitul Muawanah) dipegang oleh 21 orang pemegang saham yang terdiri dari cendekiawan, ulama dan masyarakat umum lainnya. Kemudian Pada tanggal 2 Mei 2001 PT. BPRS Baitul Muawanah mengalami perubahan jumlah pemegang saham, sebelumnya terdapat 21 (dua puluh satu) pemegang saham kemudian setelah diadakan akuisisi (pengambilalihan), jumlah pemegang saham menjadi hanya 2 (dua) orang.